每种微生物基本都有各自的特异性表面抗原，使用单抗偶联各种荧光素可方便检测各种样品中的微生物。样品经荧光染色（如SYBR Green I 或其他染色剂染色）后，可用CytosSense 测定微生物含量。(高通量：>200000cell ; 粒径：0.1-700μm) ，目前可直接检测大肠杆菌，嗜血杆菌、沙门氏菌、结核杆菌、铜绿假单胞菌、军团杆菌等。在瑞士，FCM方法被列为标准细菌监测方法。
2.1 激光检测器配置：488nm激光器，绿/黄检测荧光通道。
2.2 进样系统设置：使用CytoSense 检测细菌时我们建议在样品泵中使用特殊的管道，以尽量减少染色细胞粘附在管道上，对其他操作没有影响。即更换下图配件：
A） 实验室手动染色样品
如果样品制备中进行了细胞清洗，则直接上机检测没有影响；如果样品没有清洗，样品含有游离染料，则有两种选择：
a）“正常使用循环鞘液”：为防止染料在鞘液中积聚，缓慢增加荧光通道中的背景信号，因此建议定期投加氯。可以通过安装加氯泵实现自动化，或者，我们可以安装一个带有流动开关的特殊过滤器（下图），以从鞘液中去除染料。
b） 使用“非循环鞘液系统”：可将“受污染”的鞘液会立即从仪器中排出，无需再循环，本方案只需为鞘液提供足够的清洁水。外置鞘液系统有利于保护管路和内置的过滤系统，延长其使用寿命。浊度较高的样品，藻浓度较高的样品，也可以使用外置鞘液系统来运行仪器。
外置鞘液系统连接方式如下：（标准CytoSense即可，用户可方便自行改装）
非循环外置鞘液系统
增加配件 “细菌染色模块”，可以自动调节鞘液。同时 “染色模块”，可以实现自动染色。适用于水中微生物我的在线自动监测。
使用方法：与正常细胞检测一样，冲洗、启动和分析操作是自动化的，所有程序都在软件中编写。荧光染料有时需要在瓶子空了之后重新填充，定期更换氯和过滤器-取决于使用情况等，可自动运行几个月。
※ 对于已经拥有CytoSense的最终用户，不需要购买另一台CytoSense，只需加配染色模块，对现有CytoSense做微小调整，以适应与染色模块的耦合（如电子连接和安装不同类型的样品泵）。
3.1 上升流系统和人为活动对巴西沿海地区微生物多样性的影响(巴西里约热内卢联邦大学)
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利采用CytoSense对冲击式气体采样器收集到的气载细菌和参考菌株大肠杆菌进行计数和鉴定。配置488nm激光器，550nm的高灵敏度黄光发射传感器。同时记录每个粒子的脉冲形状的信号可用于估计细胞体积，并将细胞定义为不同细胞类型的特定簇。分析粒子体积通过FWS的扫描脉冲图或SWS的扫描脉冲图估算。 |
自动染色模块（SM）安装于CytoSense，可同时原位自动采样、分析浮游植物和细菌。水样在行船过程中持续泵入系统，SYBR Green I荧光染料通过小的染色容器逐滴加入样品（V/V=1：10000），经15min 染色反应后自动泵入CytoSense。通过本次项目地中海海洋研究所展示了CytoSense 不仅可以检测自发荧光的浮游植物，而且可检测细菌、鞭毛虫、纤毛虫等微生物。经过2 小时一次共七天的实验，获得了更多有效数据。
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